De Hervormde Gemeente Rotterdam Centrum (HGRC) heeft geen centrale organisatie die alles aanstuurt. Alle wijkgemeenten en diaconale projecten zijn ‘eigendom’ van de mensen die er met hart en ziel bij betrokken zijn. Ieder mens telt en ieder mens heeft wat in te brengen. Daarin ligt de waarde van samen kerk zijn.

De leden zijn vertegenwoordig in de afzonderlijke wijkkerkenraden. Vanuit die wijkkerkenraden gaat een afvaardiging naar de Algemene Kerkenraad. Dit is het hoogste orgaan van de HGRC, dat beleidsplannen vaststelt en mensen benoemt in diverse uitvoerende stichtingen. Ook alle predikanten worden door de Algemene Kerkenraad aangesteld.

Daarnaast zijn de leden vertegenwoordigd in het College van Kerkrentmeesters (CvK) en het College van Diakenen (CvD). Het CvK beheert de financiën van de kerkgemeenschap. Het CvD coördineert de diaconale activiteiten en beheert ook de financiën daarvan.