Rotterdam is groter dan het centrum. De Protestantse Kerk Nederland in Rotterdam is onderverdeeld in een aantal kerkelijke gemeenten. Op sommige plekken zijn de oude hervormde en gereformeerde gemeenten samengegaan tot één protestantse gemeente. Op andere plekken, zoals het centrum, is het nog niet zo ver. Dit zijn alle PKN-gemeenten binnen de stadsgrenzen van Rotterdam:

• Evangelisch-Lutherse Gemeente Rotterdam
• Gereformeerde Kerk Rotterdam
• Gereformeerde Kerk Rotterdam IJsselmonde
• Gereformeerde Kerk Rotterdam Lombardijen
• Gereformeerde Kerk Pernis
• Hervormde Gemeente Delfshaven
• Hervormde Gemeente Pernis
• Hervormde Gemeente Rotterdam-IJsselmonde
• Protestantse Gemeente Alexanderkerk
• Protestantse Gemeente te Hoek van Holland
• Protestantse Gemeente Hoogvliet
• Protestantse Gemeente te Overschie
• Protestantse Gemeente Rotterdam Noordrand
• Protestantse Gemeente Rotterdam Zuid
• Protestantse Gemeente Rozenburg
• Protestants Kralingen

Samen met andere gemeenten vormt Rotterdam de Classis Zuid-Holland Zuid